Joko Tingkir sebagai Raja bergelar Sultan Hadiwijaya (1568-1582), kedudukannya disahkan oleh Sunan Giri, segera mendapat pengakuan dari Adipati-Adipati di seluruh Jawa Tengah dan Jawa Timur. Sedangkan salah seorang anak Sultan Prawoto yaitu Arya Pangiri diangkat menjadi Adipati Demak.
Selain itu, salah seorang yang paling berjasa dalam membinasakan Arya Penangsang yaitu Kyai Ageng Pemanahan ( putra dari Kyai Ageng Anis, yang mana Anis adalah putra Kyai Ageng Selo ) diberi imbalan daerah Mataram ( sekitar kota Gede dekat Yogyakarta ) untuk ditinggali, yang juga membuat namanya lebih dikenal dengan panggilan Kyai Gede Mataram.
Kyai / Ki Ageng Pemanahan dalam waktu singkat mampu membuat Mataram beserta rakyatnya maju. Namun sebelum dapat ikut menikmati hasil, usahanya dilanjutkan oleh sang anak yaitu Sutowijoyo ( terkenal sebagai ahli peperangan yang nantinya ia lebih dikenal bernana Senapati ing Alaga / Panglima Perang ), di tahun 1575 Ki Ageng Pemanahan meninggal.
Tujuh tahun kemudian (1582) Joko Tingkir meninggal, dan Pangeran Benowo seharusnya menggantikannya disingkirkan oleh Arya Pangiri dan akhirnya hanya jadi Adipati di Jipang.
.jpg)
Arya Pangiri diserang oleh Sutowijoyo yang dibantu Pangeran Benowo, dan Sutowijoyo memindahkan Karaton Pajang ke Mataram dan ia menjadi Raja bergelar Panembahan Senopati (1575-1601).
Panembahan Senopati meninggal pada tahun 1601 dimakamkan di Kota Gede, setelah berhasil meletakkan dasar-dasar kerajaan Mataram.
